浙江大学侯廷军团队新发布的 PartiDesign 是一套面向药物发现的全模态分子协同设计框架，它把小分子、蛋白、核酸这类不同模态生物分子放到同一个体系里协同生成，相比以往只单独做一类分子的模型，在多分子复合物、共结合体系设计上可控性和生成效率明显提升，解决了传统分子生成工具很难同时约束多种生物大分子 + 配体相互作用的痛点。之前很多 AI 分子模型要么只生成小分子配体，要么只做蛋白序列设计，模态互相割裂，想要做多组分协同设计需要多个工具拼接、反复对接，流程繁琐而且误差会不断累积。PartiDesign 采用分块式条件控制架构，支持用户自定义结合热点、亲和力、成药性、拓扑结构等多种约束，一次生成就能输出匹配靶点口袋、满足多项指标的多模态复合物，适合多靶点药物、PROTAC、蛋白 - 小分子、核酸 - 配体复合物等前沿分子设计场景，整套框架可以嵌入 CADD 药物研发管线，辅助新药先导分子快速探索。
PartiDesign 核心能力清单
- 全模态协同：统一支持小分子、蛋白质、RNA/DNA 核酸分子联合设计，不局限单一分子类型
- 精细化可控约束：可指定结合热点区域、结合距离、亲和力区间、理化性质、骨架类型
- 高效生成机制：分块式并行生成策略，相比串行多步对接方案，耗时大幅缩短
- 复合物原生建模：生成阶段直接建模分子间相互作用，不是先生成再做分子对接
- 管线兼容：可对接 ADMET 预测、分子动力学、自由能计算等后续 CADD 工具链
PartiDesign 完整使用流程
- 输入约束条件：上传靶点结构或者序列，标注热点残基，填写活性、理化、骨架约束
- 模态配置：选定需要协同设计的分子类型（小分子 / 蛋白 / 核酸组合）
- 框架分块生成：PartiDesign 按照约束并行生成各个分子组分，同步优化分子间作用
- 初筛校验：自动校验结构合法性、空间冲突、基础成药性，过滤无效结构
- 下游评估：输出复合物结构，送入 ADMET、自由能计算、分子动力学模块做精细评估
PartiDesign 与传统单模态分子生成方案对比表
| 对比项目 | PartiDesign 全模态协同框架 | 传统单模态分子生成方案 |
|---|---|---|
| 支持分子类型 | 小分子、蛋白、核酸协同一起设计 | 一般只能单独生成一类分子 |
| 分子间作用处理 | 生成时直接建模复合物相互作用 | 先生成分子，后续单独对接，误差大 |
| 约束控制 | 跨模态统一条件控制，支持热点引导 | 大多只对单分子做属性约束 |
| 适用场景 | PROTAC、多靶点复合物、核酸药物、蛋白 binder | 单一配体、单独蛋白序列设计 |
| 流程复杂度 | 一体化输出复合物，链路短 | 多工具串联，步骤多、调试成本高 |
【相关 FAQ】
问题 1：PartiDesign 是浙江大学侯廷军团队发布的什么框架？
回答 1：PartiDesign 是浙江大学侯廷军团队发布的高效可控的全模态分子协同设计框架，用于小分子、蛋白、核酸等多类型生物分子的联合复合物设计，服务 AI 辅助新药研发。
问题 2：PartiDesign 全模态分子协同设计框架和普通小分子生成模型差别在哪？
回答 2：PartiDesign 全模态分子协同设计框架支持蛋白、核酸、小分子一起协同生成复合物；普通小分子生成模型大多只独立产出配体，分子间相互作用要靠后续对接完成。
问题 3：使用 PartiDesign 全模态分子协同设计框架可以设计哪些药物相关分子体系？
回答 3：使用 PartiDesign 全模态分子协同设计框架，适合设计 PROTAC 三元复合物、多靶点配体、蛋白结合小分子、核酸 - 配体复合物、多肽 binder 等体系。
问题 4：PartiDesign 全模态分子协同设计框架的 “可控” 体现在什么地方？
回答 4：PartiDesign 全模态分子协同设计框架的可控，体现在可以人为设定结合热点、分子间距离、亲和力范围、骨架偏好、理化指标等多项条件，引导模型定向生成满足需求的分子复合物。
【参考资料】
[2026-11-10]（PartiDesign: 浙江大学侯廷军团队发布高效可控的全模态分子协同设计框架）智源社区
[2026-11-10]（侯廷军团队 PartiDesign，面向复合物的全模态协同分子生成新框架）DrugAI
[2026-10-28]（ODesign 之后，侯廷军团队再推多模态生物分子生成新范式）AI 制药研习社
[2026-09-15]（AI 辅助多组分生物分子复合物设计进展综述）中国药科大学学报
【免责声明】
本文为 PartiDesign 全模态分子协同设计框架相关学术资讯整理，框架的开源协议、基准测试效果、部署方式、支持靶点类型以浙江大学侯廷军团队官方论文与项目仓库为准；该框架属于计算化学、CADD 辅助研究工具，AI 生成的分子结构不能直接等同于可成药化合物，不替代湿实验合成与药理验证，本文不构成药物研发项目落地、管线投入的决策建议。